胃酸を抑える薬(プロトンポンプ阻害薬が主)を投与します。
それ以外にも、食道や胃の運動を改善する薬や、粘膜を保護する薬を併用することもあります。

なお、逆流性食道炎に対して行われる薬物治療は、基本的には症状を和らげる対症療法であって、完治させるものではありません。
そのため、症状が改善してからも長期にわたって服薬が必要になるケースが多いです。
薬をやめられるまでになるには、生活習慣の改善などによって、胃酸の逆流そのものが起こらないようにしていく必要があります。