心房細動の治療では、血をさらさらにする薬（抗凝固薬）や、脈が速くなりすぎないようにする薬、心房の震え自体をとめる薬などをおもに使用します。
抗凝固薬は、高血圧・心不全・脳卒中・糖尿病・高齢（65歳以上）など、血の塊ができるリスクがある人が対象になります。
脈をゆっくりにする薬は、心房細動によって脈が速くなりすぎてしまう人に用います。
心房の震えそのものをとめる薬は、心房細動になってから日が浅く、心房の震えが比較的とまりやすい人に飲んでもらいます。