問診や身体所見、経過から背景疾患の存在を疑うときは各種検査を考慮する。

血液検査

血算:血液疾患関連性口内炎、舌炎
亜鉛・鉄・銅・ビタミンB12:味覚障害、舌炎
血清梅毒抗体価:口腔咽頭梅毒
血清HIV抗体:HIV関連口腔疾患
血清サイトメガロウイルス抗体:CMV性伝染性単核症
抗デスモグレイン1及び3抗体:尋常性天疱瘡
C-ANCA:抗好中球細胞質抗体
PR3-ANCA:多発血管炎性肉芽腫症
血清HTLV抗体:成人T細胞白血病関連口内炎
血清C型肝炎ウイルス抗体:HCV関連口腔疾患

生検

腫瘍性疾患、結核、CMV性伝染性単核症、扁平苔癬、天疱瘡、多発血管炎性肉芽腫症

画像検査

腫瘍性疾患、ガマ腫、末端肥大症、アミロイドーシス