基本的には治療に薬を用いることはありません。
アニサキス自体を物理的に取り除くことが治療になるので、基本的に薬は使いません。除去後に胃の不快感や痛みが続く場合は、一般的な胃薬を処方することもあります。
国立感染症研究所寄生動物部 杉山 広 森嶋康之. “アニサキス症とは”. NIID国立感染症研究所. https://www.niid.go.jp/niid/ja/kansennohanashi/314-anisakis-intro.html, (参照 2022-06-20).