炎症を抑えるために、飲み薬と、大腸にじかに効き目がおよぶ坐薬を用います。
症状が重い場合、注射薬や免疫を抑える薬を使ったり、入院して絶食を行って腸を休めたりします。
一度血液を体の外に出して、炎症を引き起こしている白血球を取り除く治療（血球除去療法）を行うこともあります。
それでもよくならない場合、必要に応じて大腸の切除も検討します。